Ils étaient 1000.
Ils ne sont plus que 10.
Jiyu est le Numéro 1000, un enfant du Labo, un être génétiquement modifié par cette organisation qui rêvait de l'utiliser comme une machine de guerre.
Ayant réussi à prendre la fuite cinq ans plus tôt, il tente de mener une vie banale pour se réinsérer dans la société. Pourtant, quand sa route recroise celle de Yashuu, le Numéro 1, il n'a pas d'autres choix que de réaliser que le Labo est toujours en activités... et qu'ils n'ont pas prévu de s'arrêter là dans leurs expériences.
Leur objectif ? Retrouver les autres survivants du Labo et mettre fin, une bonne fois pour toute, à cette organisation cruelle qui a détruit leur vie.